Calcolo Scientifico e Big Data

Utilizziamo calcolo parallelo e basato su GPU per l’analisi di diversi problemi. In particolare, sviluppiamo codici paralleli ottimizzati per la simulazione Monte Carlo di dinamiche con variabili continue, la dinamica di popolazioni per Belief Propagation e per metodi di cavita’ su grafi aleatori, e per la massimizzazione della Pseudolikelihood.

Algoritmi. Siamo interessati allo sviluppo di tecniche computazionali efficienti ispirate dalla meccanica statistica dei sistemi disordinati per problemi di inferenza e ottimizzazione da grandi database sperimentali, specialmente relativi a sistemi biologici complessi. Fra le applicazioni rilevanti figurano l’analisi dell’espressione genica da dati a singola cellula, lo studio delle leggi di conservazione cinetiche e termodinamiche in reti biochimiche e metaboliche cellulari, la variabilita’ evolutiva di sequenze di proteine, lo studio della variabilita’ cellula-cellula in popolazioni batteriche a livello fisiologico (rates di crescita) e molecolare, e l’inferenza di reti complesse di interazione (proteina-proteina, proteina-DNA e RNA-RNA) da dati genomici e/o termodinamici. Lavoriamo inoltre sullo sviluppo di modelli multi-scala per l’ingegneria metabolica di organismi unicellulari e la simulazione su larga scala di tessuti umani.

 

Simulazioni biofisiche: Competizione molecolare sui recettori. Molti processi biologici si basano sull’interazione tra un recettore e varie molecole partner che si possono legare a questo. Per chiarire queste interazioni, gli esperimenti ‘in vitro’ solitamente analizzano il recettore in presenza di un’altra singola molecola. Tuttavia, i meccanismi ‘in vivo’ sono molto più complessi e possono esserci fenomeni di competizione tra diversi partner molecolari per lo stesso recettore, oppure tra differenti molecole dello stesso tipo che potrebbero associarsi in più regioni distinte dello stesso recettore secondo varie modalità di legame. Simulazioni al calcolatore possono aiutare ad una mappatura sistematica delle varie possibili combinazioni.

Facilities and Labs

S.Li.M. Lab @ Roma

People

Andrea_DeMArtinoAndrea

De Martino

Ricercatore CNR

Bruno_RizzutiBruno

Rizzuti

Ricercatore CNR

leuzziLuca

Leuzzi

Ricercatore CNR

fabrizioantenucci_postdocFabrizio

Antenucci

PostDoc Associato

alessiamarruzzo_postdocAlessia

Marruzzo

PostDoc Associato

Publications

  1. S. Evoli, D.L. Mobley, R. Guzzi, B. Rizzuti, Multiple binding modes of ibuprofen in human serum albumin identified by absolute binding free energy calculations, bioRxiv, 8, 1-27, (2016) doi:10.1101/068502.
  2. Regularization and decimation pseudolikelihood approaches to statistical inference in XY-spin models, P Tyagi, A Marruzzo, A Pagnani, F Antenucci, L Leuzzi, Physical Review B 94, 024203 (2016), Doi: 10.1103/PhysRevB.94.024203.
  3.  Multi-body quenched disordered XY and p-clock models on random graphs. A Marruzzo, L Leuzzi, Physical Review B 93, 094206 (2016) Doi: 10.1103/PhysRevB.93.094206.
  4.  M Mori, T Hwa, OC Martin, A De Martino and E Marinari. Constrained Allocation Flux Balance Anal- ysis. PLoS Comp Biol 12:e1004913 (2016) Doi: 10.1371/journal.pcbi.1004913
  5. A Martirosyan, M Figliuzzi, E Marinari and A De Martino. Probing the limits to microRNA-mediated control of gene expression. PLoS Comp Biol 12: e1004715 (2016) Doi: 10.1371/journal.pcbi.1004715
  6. Nonlinear XY and p-clock models on sparse random graphs: Mode-locking transition of localized waves, A Marruzzo, L Leuzzi, Physical Review B 91, 054201 (2015) Doi: 10.1103/PhysRevB.91.054201
  7. Statistical mechanical theory of mode-locked multimode lasers in closed cavity: determination of thresholds, spectra, pulse phase delays and pulse correlations. F Antenucci, M Ibanez Berganza, L Leuzzi, Phys. Rev. A 91, 043811 (2014) Doi:.10.1103/PhysRevA.91.043811
  8. D De Martino, F Capuani and A De Martino. Inferring metabolic phenotypes from the exometabolome through a thermodynamic variational principle. New J Phys 16: 115018 (2014) Doi: 10.1088/1367-2630/16/11/115018
  9. A De Martino, D De Martino, R Mulet and A Pagnani. Identifying all moiety conservation laws in genome-scale metabolic networks, PLoS ONE 9:e100750  (2014)  Doi: 10.1371/journal.pone.0100750
  10. A Seganti, F Ricci Tersenghi and A De Martino. Searching for feasible stationary states in reaction net- works by solving a Boolean constraint satisfaction problem. Phys Rev E 89:022139 (2014) Doi: 10.1103/PhysRevE.89.022139

Other selected publications

  1. FA Massucci, M DiNuzzo, F Giove, B Maraviglia, I Perez Castillo, E Marinari and A De Martino. Energy metabolism and glutamate-glutamine cycle in the brain: a stoichiometric modeling perspective. BMC Sys Biol 7:103 (2013) Doi: 10.1186/1752-0509-7-103
  2. D De Martino, F Capuani, M Mori, A De Martino and E Marinari. Counting and correcting thermody- namically infeasible flux cycles in genome-scale metabolic networks. Metabolites 3:946 (2013) Doi: 10.3390/metabo3040946
  3. FA Massucci, F Font Clos, A De Martino and I Perez Castillo. A novel methodology to estimate metabolic flux distributions in constraint-based models. Metabolites 3:838 (2013) Doi: 10.3390/metabo3030838
  4. A Seganti, A De Martino and F Ricci Tersenghi. Boolean constraint satisfaction problems for reaction networks. J Stat Mech P09009 (2013) Doi:10.1088/1742-5468/2013/09/P09009
  5. D De Martino, M Figliuzzi, A De Martino and E Marinari. A scalable algorithm to explore the Gibbs energy landscape of genome-scale metabolic networks. PLoS Comp Biol 8:e1002562 (2012) Doi: 10.1371/journal.pcbi.1002562

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La settimana del rosa digitale - 4^ed

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Percorso di condivisione della carriera di scienziato-donna fatto attraverso esperimenti di estrazione di sostanze chimiche partendo dal cibo.

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Che “cavolo" di arcobaleno-mamme e scienza un viaggio alla scoperta di cio’ che Madre Natura ci insegna.

con Eloisa Sardella (CNR Nanotec) e Laura Rosso (PSP)

maggiori info:

TERAMETANANO - International Conference on Terahertz Emission, Metamaterials and Nanophotonics

TERAMETANANO - IV ed.

Castello Carlo V, Lecce 27 -31 Maggio 2019

The IV edition of TERAMETANANO, the International Conference on Terahertz Emission, Metamaterials and Nanophotonics, will take place in Lecce (Italy) from 27 to 31 of May 2019 in the 16th-century Castle of Charles V   with two special nights that will be held in an original Theatre of Roman period.

 

TERAMETANANO is an annual conference that gather physicists studying a wide variety of phenomena in the areas of nano-structuresnano-photonics and meta-materials, with special attention to the coupling between light and matter and in a broad range of wavelengths, going from the visible up to the terahertz.

 

Al via la fase 2 del Tecnopolo per la medicina di precisione

Firmata convenzione tra Regione, Università e Cnr per avvio seconda fase del Tecnopolo

Bari, 27 novembre 2018 

Sottoscritto stamane l’accordo tra Regione PugliaCnr Consiglio nazionale delle ricerche, Irccs Giovanni Paolo II di Bari e Università di Bari per l’avvio della seconda fase del Tecnopolo per la Medicina di Precisione. Sede del tecnopolo, il CnrNanotec.

“La sfida della medicina moderna è tradurre nella pratica clinica gli enormi progressi compiuti dalla scienza e dalla tecnologia. In questo contesto le nanotecnologie, focalizzate sull’indagine e sulla manipolazione della materia a livello nanometrico-molecolare, si presentano come uno strumento potentissimo al servizio della medicina di precisione, la nuova frontiera che punta allo sviluppo di trattamenti personalizzati per il singolo paziente”, afferma  Giuseppe Gigli, direttore di Cnr Nanotec e coordinatore del Tecnopolo.

Link video dichiarazione Massimo Inguscio: http://rpu.gl/uChUl

Link video di presentazione Tecnomed: http://rpu.gl/Qqerm

Link video dichiarazione Michele Emiliano: http://rpu.gl/aJoee